Oprócz produkcji cywilnej, Stocznia Remontowa Nauta oferuje usługi w zakresie naprawy, modyfikacji oraz budowy okrętów wojennych dla Marynarki Wojennej RP i zagranicznych, w tym prac na okrętach podwodnych. Po uzyskaniu wszystkich niezbędnych certyfikatów poziom usług w tym zakresie stale rośnie.
Zdobyte doświadczenie w remontach okrętów, niskie koszty pracy i certyfikowana jakość wykonania i zarządzania sprawia, że Stocznia nauta jest idealnym miejscem dla napraw okrętów wojennych innych państw NATO.
